EEGの生データに瞬目などのアーチファクトは反映されていますか？

はい、脳波の生データには、反映されています。50、60Hzの信号に対してはフィルターがかかっています。

集中度やリラックス度の指標に関しては、瞬目などのアーチファクトで大きく変化することはありません。